สีฟ้าอ่อนเป็นสัญลักษณ์ของท้องฟ้า ทะเล และชาว Issa ในขณะที่สีเขียวเป็นตัวแทนของแผ่นดินและชาว Afar สีขาวหมายถึงสันติภาพ และดาวสีแดงหมายถึงการต่อสู้เพื่อเอกราชและความสามัคคีของชาติ
ธงปัจจุบันได้รับการรับรองอย่างเป็นทางการเมื่อวันที่ 27 มิถุนายน 1977 ซึ่งเป็นวันที่ประเทศได้รับเอกราชจากฝรั่งเศส การออกแบบได้รับอิทธิพลอย่างมากจากธงของกลุ่มการเมืองที่นำขบวนการเพื่ออธิปไตย ก่อนหน้านี้ ดินแดนนี้เป็นที่รู้จักในชื่อ French Territory of the Afars and the Issas และใช้ธงชาติฝรั่งเศส